Под его руководством ФБР расследовало дело о возможном вмешательстве России в выборы президента в 2016 г. После того, как Дональд Трамп неожиданно уволил Коми 9 мая, стало известно, что ранее президент просил Коми прекратить расследование в отношении Майкла Флинна, недолго проработавшего советником Трампа по национальной безопасности. Это может быть квалифицировано как препятствование правосудию.
В опубликованном накануне письменном заявлении, которое Коми представит в качестве вступительного слова на слушаниях, он подтвердил появившуюся ранее в СМИ информацию о том, что после встреч с Трампом он подготовил служебные записки, в которых, в частности, было отмечено: